Seiring pembenahan kelembagaan, pengelolaan, serta penataan kurikulum dan intensifikasi bimbingan di Pesantren Bahrul Ulum, kualitas pendidikan menjadi semakin baik dan jumlah santri terus meningkat cukup pesat dari tahun-ke-tahun, dan saat ini telah berjumlah 423 orang santri putra dan putri, dan selain murid TK dan MI, semuanya harus menetap di Pesantren. Para santri ini mengikuti kegiatan belajar dengan rombongan belajar atau rombel pada jenjang-jenjang:

Taman Kanak-kanak terdiri dari 2 (dua) kelas: A dan B, 43 santri

Madrasah Ibtidaiyah terdiri dari 1 (satu) kelas (baru dibuka tahun 2023-2024), 6 santri

Madrasah Tsanawiyah terdiri 8 rombel/kelas, 234 santri

Madrasah Aliyah terdiri dari 5 rombel/kelas, 140 santri

Di samping jenjang formal tersebut, para santri juga mengikuti kegiatan ngaji kitab :

Tafsir Jalalain (Tafsir al-Qur’an), dengan pola mengutamakan pemahaman dan kontekstualisasi tafsir

Hadits Riyadlush Shalihin (Hadits tentang Akhlak), dengan pola khataman (dan setiap tahun berganti pada kitab-kitab hadits yang lain)

Ta’lim al-Muta’allim (Akhlak santri), dengan pola mengutamakan pemahaman dan kontekstualisasi makna kitab

Sullam Safinah (Fiqh), kitab fiqh dasar yang bersifat pembentukan karakter santri dalam bidang ibadah

Washiat al-Musthafa (Akhlak), dengan pola pemahaman yang bersifat nasehat.